殘疾人就業保障金是根據年度差額人數和上年度本地區職工的年平均工資來計算的。而年度差額人數則是上一年度用人單位未按照規定安排殘疾人就業的差距人數。
法律依據：
《財政部關于發布〈殘疾人就業保障金管理暫行規定〉的通知》第二條
“保障金”是指在實施分散按比例安排殘疾人就業的地區，凡安排殘疾人達不到省、自治區、直轄市人民政府規定比例的機關、團體、企業事業單位和城鄉集體經濟組織，根據地方有關法規的規定，按照年度差額人數和上年度本地區職工年平均工資計算交納用于殘疾人就業的專項資金。保障金”按屬地原則交納，中央部門所屬單位按照所在地地方法規的有關規定辦理。機關、團體、企業事業單位和城鄉集體經濟組織，應當按照《中華人民共和國殘疾人保障法》的有關規定，積極創造條件，逐步達到規定的安排比。
第三條
企業、城鄉集體經濟組織交納的“保障金”從管理費用中列支，機關、切體和事業單位交納的“保障金”從單位預算經費包干結余或收支結余中列支。